•  hg19的下载
nohup wget url=http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &

 

  • hg19的解压
tar -zvfx chromFa.tar.gz

 

  • 对解压后的.fa文件进行合并
cat *.fa > hg19.fa

 

  •  对hg19文件进行索引
bowtie2-build hg19.fa


 

 

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