【影像组学导论】Radiomics实现之R语言入门！

以下是本文内容：

一、引语

二、R&Rstuio简介

三、Rstudio优势

四、R软件下载与安装

五、Rstudio下载与安装

六、Rstudio窗口调试

一、引语

在“导论”的前一篇中，我们提到了国内前者学者2018年经典影像组学JCO(IF = 32.956!)文章《Development and Validation of a Radiomics Nomogram for Preoperative Prediction of Lymph Node Metastasis in Colorectal Cancer》。从本片开始我们进行影像组学的实现过程。

这篇经典文献的方法是如何实现的？

希望这整个流程，让大家熟悉R语言的奇妙之处，以及打开影像组学在R语言内的“黑匣子”。（可恶的伏笔）

这一篇指导大家下载、安装R与Rstudio

二、R&Rstuio简介

1.什么是R？

R是一门语言，也是一个软件，即R语言的编译环境。用于统计建模分析（常用于医学、商业等）、绘图和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。简单来说，R是一门统计计算语言，是一套开源的数据分析解决方案。

2.什么是RStudio？

RStudio是一款R语言的IDE（集成开发环境，Integrated Development Environment，我们初学者就认为是一个美丽、人性化的窗口），R自带的环境操作起来可能不是方便，而Rstudio很好地解决了这个问题，而且它还具有调试、可视化等功能，支持纯R脚本、Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。

3. R与Rstudio的关系？

R是RStudio的基础，必须先安装R，再安装RStudio。

即使只使用RStudio，还是需要事先为计算机安装好R。

RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具，因为它自身并不附带R程序。

三、Rstudio优势

窗口界面优化：如果你打开R语言的窗口会发现比较单一，代码编写和结果、可视化呈现都非常不方便，也不利于后续延伸。Rstudio则在窗口上进行强势改装，功能分明，各司其职，课题一单多起来也比较好管理。

可视信息充足：可以理解为肉眼可见功能比较齐全，不需要到处找功能位置。

书写便利：功能函数区别明显，函数中的固定词组、冠词、括号等颜色区别比较鲜明，加上空格等排版让人赏心悦目！

符号自动补充：这个大多数编程软件都有的功能，Rstudio怎么会缺席呢？

格式适度：指的就是代码排版、编程环境不会像Python那么严格（哈哈，此处并没有吐槽Python）

四、R软件下载与安装

懒人专属链接：（或公众号留言“R软件”即可免费获取R&Rstudio）

链接: https://pan.baidu/s/1lwlPr8Q-JG-DMUfb7jh5xQ

密码: 36qj

R官网：https://www.r-project/

步骤1：

进入官网后点击“download R”

步骤2：

下拉网页，找到国内镜像-“China”，根据自己爱好选择其中一个镜像（“镜像”，即镜像站点，指相同信息内容提供不同的源，主要是下载过程中的通道。没错，你可以理解为WIFI，就像家里的WIFI和手机热点，时快时慢。）当然，这里选择后，以后在软件里面也是可以修改的，因此 此处应该快速通过。

步骤3：

根据自己电脑的系统选择相应版本，有Windows版本、Mac OS X版本、Linux版本。

步骤4：

以Mac OS版本为例，选择最新的版本下载即可。PS：不用太纠结软件的版本，绝大多数函数包都支持老版本的R，所以一个版本可以用上甚至几年才需要更新。一般用户、笔记本选择箭头处的下载即可。

步骤5：

下载完后打开安装文件。

 

步骤6：按提示安装起来！“继续”

步骤7：“继续”

步骤8 ：“继续”

步骤9：“同意”

步骤10-11：可以根据个人爱好放置于某个硬盘下的某个文件，Windows同理。

步骤12：等待成功。

步骤13：“成功”它来了。

PS：安装完后，不用理会了（R：我就是这么个工具软件- -？）

五、Rstudio下载与安装

懒人专属链接：（或公众号留言“R软件”即可免费获取R&Rstudio）

链接: https://pan.baidu/s/1lwlPr8Q-JG-DMUfb7jh5xQ

密码: 36qj

官网：https://www.rstudio/

步骤1：找到下载方向。“DOWNLOAD”

步骤2：下拉找到“Free”开源版本即可，点击“DOWNLOAD”。

步骤3：可以直接点击“DOWNLOAD RSTUDUI FOR MAC”，如果没出现可以在下面的“All Installers”找到对应的版本下载即可。

步骤4：打开下载后的程序。

步骤5：直接将“RStudio.app”拖入应用程序“Applications”即可完成安装。

 

六、Rstudio窗口调试（Windows和Mac玩家均适用）

步骤1：第一次打开Rstudio需要人工点击“打开”，如下。

步骤2：打开Rstudio后，界面可以很清晰看到有4个窗口。简单粗暴地分类为

窗口A：就是写代码的本子

窗口B：环境，mmm，就是符号表示的内容

窗口C：计算结果显示

窗口D：绘图、帮助文档

步骤3：为了方便编写代码和呈现结果，大多数玩家都会这么改变窗口的位置：将窗口B和C调换位置。（强烈推荐！以后就知道它的妙处了），具体如下。“Tools”-“Global Options”

步骤4：找到左边的“Pane Layout”，（这里就是ABCD4个窗口的原始位置）只需要在右上窗口下拉框，原来是“Environment…”，改选为“Console”，再点击“OK”。PS窗口不会关闭，请看步骤5。

步骤5：再改一个可以让你感觉高大上的页面设置，步骤4完成后，左边选择“Appearance”，在“Editor theme”下找到倒数第二个“Vibrant Ink”，点击“Apply”。瞬间！你懂的。（PS：此窗口根据每个人的电脑可以进行个性化调整主题、字体大小）

步骤6：在窗口A输入：

print(“Hello R man!”)

注意：双引号是英文格式的。

然后鼠标光标停留在第一行任意位置，点击“Run”，如果右边出现了：

[1] “Hello R man！”

那么，大功告成！恭喜你进入R的世界！成功入门R语言！

往期回顾：

【影像组学导论】第一部分：官方定义解读。这咋整？读懂这个频道就够了！

【影像组学导论】第二部分：具体应用方向？十大维度供你参考！

如果有觉得不错的文章可以分享解读，也请公众号留言。

希望大家在“挺烦的统计”这里能够消除烦恼，打开新视界，更上一层楼！

PS：

全篇内容属笔者整理，如有不妥，敬请批评指正！

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