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为什么要后处理？ ‾ \color{red}{\textbf{ \underline{为什么要后处理？}}} 为什么要后处理？
在进行分子动力学模拟的时候，往往需要对于我们关心的热力学、动力学量以及体系结构信息等进行统计，但是可以直接输出的信息非常有限 ‾ \textbf{ \underline{但是可以直接输出的信息非常有限}} 但是可以直接输出的信息非常有限，通常需要进行大量的后处理编程统计我们关心的物理量（比如：指定区域的气液界面分子数、晶体生长的晶核大小、纳米气泡的大小，等等）。因此，后处理是动力学模拟过程中必不可少的重要环节之一 ‾ \textbf{ \underline{因此，后处理是动力学模拟过程中必不可少的重要环节之一}} 因此，后处理是动力学模拟过程中必不可少的重要环节之一。

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主要专栏内容包括：
†《LAMMPS小技巧》： ‾ \textbf{ \underline{\dag《LAMMPS小技巧》：}} †《LAMMPS小技巧》：主要介绍采用分子动力学（ L a m m p s Lammps Lammps）模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧（难度： ★ \bigstar ★）
††《LAMMPS实例教程—In文件详解》： ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag《LAMMPS实例教程—In文件详解》：}} ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》：主要介绍采用分子动力学（ L a m m p s Lammps Lammps）模拟相关物理过程模拟。（包含：热导率计算、定压比热容计算，难度： ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★）
†††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》： ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：}} †††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。难度： ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★）。
††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》： ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：}} ††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：主要介绍针对后处理过程中指定函数，进行包装，方便使用者直接调用（需要一定编程能力，难度： ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★ ★ \bigstar ★）。
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LAMMPS后处理以及编程技巧

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案例教学： I n 文件 − 后处理 − P y t h o n 绘图 \rm 案例教学：In文件-后处理-Python绘图案例教学：In文件−后处理−Python绘图
- - 1、液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图
后处理分析 − 具体内容：后处理分析-具体内容：后处理分析−具体内容：
- - 1、可循环调节粗糙表面（高、宽）模型构建
  - 2、MATLAB 计算二维云图-接触角
  - 3、识别固液界面接触原子程序
  - 4、分子模板构建溶液中随机分布的纳米颗粒
  - 5 、通过分子模板构建不同形状的纳米颗粒
  - 6、MATLAB 计算液滴弹跳速度矢量分布
  - 7、Lammps空间划分——识别三维裂隙、气泡
  - 8、LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均
  - 9、LAMMPS识别纳米液滴轮廓-全部轨迹统计平均
  - 10、分子动力学-多孔结构（原子模型）如何计算孔径分布
  - 11、键序参数—结冰成核识别、融化识别
  - 12、Lammps表面生成之“行走的晶格”—构造任意晶格不规则表面
  - 13、MATLAB如何识别吸附—不同时间内的吸附量识别
  - 14、MATLAB 处理多层吸附问题—分区识别
  - 15、液滴自驱动的固液界面判断—MATLAB识别
  - 16、Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析
  - 17、纳米压痕接触面积—Matlab接触面积计算（两种方法)
  - 18、不同三角函数下的弯曲石墨烯Matlab生成
  - 19、根据现有结构切割任意函数表面—MATLAB的data定制
  - 20、根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）
  - 21、Matlab实现溶液中球颗粒附近原子识别及颗粒质心运动轨迹
  - 22、Matlab实现反应力场物产统计
  - 23、Matlab计算随模拟时间变化的热导率
  - 24、Matlab制作含随机缺陷个数、随机缺陷直径的纳米颗粒（任何输入Data）
  - 25、两相界面识别方法
编程技巧篇 : 编程技巧篇: 编程技巧篇:
- - 1、Lammps如何大规模循环计算?一个脚本循环不同工况
  - 2、Matlab循环处理dump文件、自动写出、并关机
  - 3、Matlab定制data文件
  - 4、如何根据lattice准确create原子数，定制data文件
  - 5、LAMMPS 中 molecule command 的分子模板
  - 6、LAMMPS轨迹文件读取脚本
  - - 1. c++脚本读取轨迹
    - 2. Python 脚本读取轨迹
    - 3. MATLAB脚本读取轨迹
L a m m p s 体系轨迹分析系列： \rm Lammps\ 体系轨迹分析系列： Lammps 体系轨迹分析系列：
- - 1、温度分析—LAMMPS V.S MATALB
  - 2、数密度分析（300K下Ar）—LAMMPS V.S MATALB
  - 3、均方位移 MSD—LAMMPS V.S MATALB
  - 4、速度自关联函数—LAMMPS V.S MATALB
  - 5、Lammps-如何采用MATLAB计算径向分布函数（RDF）
实验数据分析 − M a t l a b 后处理： \rm 实验数据分析-Matlab后处理：实验数据分析−Matlab后处理：
- - 1、批量处理实验接触角数据-MATLAB分析
  - 2、实验电镜距离测量之Matlab处理
  - 3、Matlab根据实验照片制作视频

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案例教学： I n 文件 − 后处理 − P y t h o n 绘图 \rm 案例教学：In文件-后处理-Python绘图案例教学：In文件−后处理−Python绘图

1、液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图

博客: https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/130024616

后处理分析 − 具体内容：后处理分析-具体内容：后处理分析−具体内容：

提示：博文以具体案例和科学问题为背景，通过 M A T L A B 进行分析。 \rm \color{red}提示：博文以具体案例和科学问题为背景，通过MATLAB进行分析。提示：博文以具体案例和科学问题为背景，通过MATLAB进行分析。
注意：在使用博文中代码时，需要根据自己的实际程序进行修改。 \color{red}注意：在使用博文中代码时，需要根据自己的实际程序进行修改。注意：在使用博文中代码时，需要根据自己的实际程序进行修改。

1、可循环调节粗糙表面（高、宽）模型构建

博客: https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/108876629

2、MATLAB 计算二维云图-接触角

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/109187496

3、识别固液界面接触原子程序

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/112970511

4、分子模板构建溶液中随机分布的纳米颗粒

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/112055266

5 、通过分子模板构建不同形状的纳米颗粒

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/113442510

6、MATLAB 计算液滴弹跳速度矢量分布

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/110313460

7、Lammps空间划分——识别三维裂隙、气泡

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/114106996

8、LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/114413386

9、LAMMPS识别纳米液滴轮廓-全部轨迹统计平均

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10、分子动力学-多孔结构（原子模型）如何计算孔径分布

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/119083348

11、键序参数—结冰成核识别、融化识别

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/119702983

12、Lammps表面生成之“行走的晶格”—构造任意晶格不规则表面

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/120201965

13、MATLAB如何识别吸附—不同时间内的吸附量识别

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/121422973

14、MATLAB 处理多层吸附问题—分区识别

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/121725359

15、液滴自驱动的固液界面判断—MATLAB识别

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/122063457

16、Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/122227301

17、纳米压痕接触面积—Matlab接触面积计算（两种方法)

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/122512007

18、不同三角函数下的弯曲石墨烯Matlab生成

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/123039911

19、根据现有结构切割任意函数表面—MATLAB的data定制

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/123511869

20、根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/123672240

21、Matlab实现溶液中球颗粒附近原子识别及颗粒质心运动轨迹

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/124789579

22、Matlab实现反应力场物产统计

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/125729758

23、Matlab计算随模拟时间变化的热导率

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/126134536

24、Matlab制作含随机缺陷个数、随机缺陷直径的纳米颗粒（任何输入Data）

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/126937309

25、两相界面识别方法

博客：https://mp.csdn/mp_blog/creation/success/127795980

编程技巧篇 : 编程技巧篇: 编程技巧篇:

1、Lammps如何大规模循环计算?一个脚本循环不同工况

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/108997925?spm=1001.2014.3001.5501

LAMMPS如何抢占资源，循环计算？

在计算资源有限的情况下，常常因为一个任务结束而排不上队。那么在计算lammps过程中如何通过脚本循环计算不同的in文件呢？
比如我要计算不同工况下，如温度不同。观察一物理量的变化：
假设有100,200,300,400,500,600,700,800.
8个温度变化，我想写入不同的文件夹。
具体实现的功能：
1、分别创建文件夹。
2、并将需要的data文件和势能函数文件复制进不同的文件夹里。
3、计算-并在不同的文件夹写出结果。**

2、Matlab循环处理dump文件、自动写出、并关机

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/108813764?spm=1001.2014.3001.5501

长时间，多次循环dump，自动写出、关机
循环5个文件夹 -> 每个文件夹6个文件 -> 分别计算每一个文件数据分析 -> 创建新的文件夹 -> 并写出结果excel
-> 报道计算时间-> 关机！

3、Matlab定制data文件

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/113812350

通常生成的data文件，比如从MS获得或者其他方式。data的键、角度、二面角等，有时不正确，或者我们自己要增加一些东西。采用Matlab首先读取data文件，其次根据需求改写并写出。

4、如何根据lattice准确create原子数，定制data文件

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/115866205

为了使得初始模型更加稳定，如何根据lattice，并设置region，采用create_atom命令准确创建原子（气、液体）的Matlab程序，定制data文件

5、LAMMPS 中 molecule command 的分子模板

博客：https://blog.csdn/qq_43689832/article/details/104443175

6、LAMMPS轨迹文件读取脚本

采用 M A T L A B 、 P y t h o n 以及 C + + 读取 L A M M P S 轨迹 \rm 采用MATLAB、Python 以及 C++ 读取LAMMPS轨迹采用MATLAB、Python以及C++读取LAMMPS轨迹

1. c++脚本读取轨迹

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/104686674

2. Python 脚本读取轨迹

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/113812304

3. MATLAB脚本读取轨迹

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/108943190

L a m m p s 体系轨迹分析系列： \rm Lammps\ 体系轨迹分析系列： Lammps 体系轨迹分析系列：

1、温度分析—LAMMPS V.S MATALB

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2、数密度分析（300K下Ar）—LAMMPS V.S MATALB

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3、均方位移 MSD—LAMMPS V.S MATALB

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4、速度自关联函数—LAMMPS V.S MATALB

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5、Lammps-如何采用MATLAB计算径向分布函数（RDF）

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实验数据分析 − M a t l a b 后处理： \rm 实验数据分析-Matlab后处理：实验数据分析−Matlab后处理：

1、批量处理实验接触角数据-MATLAB分析

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/125488134

2、实验电镜距离测量之Matlab处理

博客：https://rockyyoung.blog.csdn/article/details/125502113

3、Matlab根据实验照片制作视频

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LAMMPS后处理以及编程技巧

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案例教学： I n 文件 − 后处理 − P y t h o n 绘图 \rm 案例教学：In文件-后处理-Python绘图 案例教学：In文件−后处理−Python绘图

1、液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图

后处理分析 − 具体内容： 后处理分析-具体内容： 后处理分析−具体内容：

1、可循环调节粗糙表面（高、宽）模型构建

2、MATLAB 计算二维云图-接触角

3、识别固液界面接触原子程序

4、分子模板构建溶液中随机分布的纳米颗粒

5 、通过分子模板构建不同形状的纳米颗粒

6、MATLAB 计算液滴弹跳速度矢量分布

7、Lammps空间划分——识别三维裂隙、气泡

8、LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均

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10、分子动力学-多孔结构（原子模型）如何计算孔径分布

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12、Lammps表面生成之“行走的晶格”—构造任意晶格不规则表面

13、MATLAB如何识别吸附—不同时间内的吸附量识别

14、MATLAB 处理多层吸附问题—分区识别

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20、根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）

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22、Matlab实现反应力场物产统计

23、Matlab计算随模拟时间变化的热导率

24、Matlab制作含随机缺陷个数、随机缺陷直径的纳米颗粒（任何输入Data）

25、两相界面识别方法

编程技巧篇 : 编程技巧篇: 编程技巧篇:

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